GIẢI TRÌNH TỰ SANGER – CHUẨN MỰC VÀNG TRONG PHÂN TÍCH GEN
Giải trình tự Sanger – hay còn gọi là phương pháp dideoxy – là một trong những kỹ thuật nền tảng và vẫn giữ vai trò quan trọng trong sinh học phân tử hiện đại. Dù đã xuất hiện từ những năm 1970, phương pháp này vẫn được sử dụng rộng rãi nhờ độ chính xác cao, dễ triển khai và phù hợp với nhiều ứng dụng chẩn đoán.
GIẢI TRÌNH TỰ SANGER LÀ GÌ?
Giải trình tự Sanger là phương pháp xác định trình tự các nucleotide trong DNA bằng cách tổng hợp DNA có kiểm soát, sử dụng các nucleotide biến đổi (ddNTP) được gắn huỳnh quang. Khi các ddNTP này được chèn vào chuỗi DNA trong quá trình tổng hợp, chúng làm dừng phản ứng, tạo ra các đoạn DNA có độ dài khác nhau. Những đoạn này sau đó được tách bằng điện di mao quản và “đọc” trình tự dựa trên tín hiệu huỳnh quang phát ra.
Phân tích dữ liệu: từ Chromatogram đến kết luận
Dữ liệu từ máy giải trình tự được chuyển đổi thành chromatogram – biểu đồ sóng tín hiệu tương ứng với các base A, T, C, G. Sau đó, trình tự được xác minh, hiệu chỉnh và so sánh với cơ sở dữ liệu gen chuẩn (như qua công cụ BLAST). Nếu cần, có thể xây dựng cây tiến hóa (phylogenetic tree) để phân tích mối quan hệ giữa các mẫu.
Khi nào cần chuẩn bị thư viện cDNA?
Việc tạo thư viện cDNA từ RNA là cần thiết khi:
• Nghiên cứu biểu hiện gen.
• Phân tích biến thể gen ở mức phiên mã.
• Giải trình tự đoạn mRNA đã biết.
Không cần cDNA nếu làm việc trực tiếp với DNA genomic hoặc giải trình tự các đoạn gen cụ thể không qua phiên mã.
Ứng dụng thực tiễn của giải trình tự Sanger
• Kiểm tra trình tự gen: Xác minh plasmid, đoạn gen nhân bản.
• Phát hiện đột biến: Đặc biệt là SNPs và indels trong y học, thú y.
• Định danh vi sinh vật: Qua gen 16S rRNA hoặc ITS.
• Kiểm tra mẫu chuẩn: Đối chiếu với dữ liệu từ NGS.
• Chẩn đoán phân tử: Phát hiện mầm bệnh và gen kháng thuốc.
• Giám sát dịch tễ: Truy vết nguồn lây và phân nhóm chủng.
Giải trình tự Sanger, dù không còn là kỹ thuật hiện đại nhất, vẫn là công cụ mạnh mẽ và đáng tin cậy trong nghiên cứu và chẩn đoán. Độ chính xác cao, quy trình chuẩn hóa và ứng dụng rộng rãi là lý do khiến Sanger luôn giữ vị trí đặc biệt trong mọi phòng lab sinh học phân tử.
Bạn cần tư vấn thêm về ứng dụng Sanger trong chẩn đoán thú y hoặc phân tích gen? Liên hệ với EMR Lab để được hỗ trợ chi tiết!